Валерий Владимирович Канакин родился 5 мая 1960 года в селе Овчарные Выселки ныне Рахмановского сельского совета Вадинского района Пензенской области. Русский.
Детство провёл в Вадинском районе, учился в школе-интернате села Вадинск и в школе села Рахмановка.
В 1975 году с семьёй переехал в поселок Московский Ленинского района Московской области (ныне в Новомосковском округе)
1977 г. - окончил среднюю школу совхоза-комбината "Московский" (ныне – школа № 2065 Москвы).
1978-1980 гг. - проходил службу в ракетных войсках стратегического назначения СССР.
1981-1982 гг. - учился в Ленинградской высшей школе Комитета государственной безопасности СССР (КГБ СССР) имени С.М.Кирова, окончив которую работал в 7-м Управлении КГБ СССР. Впоследствии также окончил Академию Федеральной службы безопасности Российской Федерации (ФСБ России) и Российскую академию народного хозяйства и государственной службы при Президенте Российской Федерации.
В январе 1984 года стал бойцом группы "А" ("Альфа") 7-го Управления КГБ СССР (ныне – Управление "А" ("Альфа") Центра специального назначения (ЦСН) ФСБ России). В качестве бойца "Альфы" исполнял воинский долг во многих "горячих точках" СССР, России и мира. В составе ограниченного контингента советских войск принимал участие в Афганской войне. Принимал также участие в контртеррористических операциях на Северном Кавказе.
Вместе со своим подразделением немедленно прибыл в город Беслан Республики Северная Осетия – Алания, в котором 1 сентября 2004 года группа в составе 32 террористов захватила сотни детей и взрослых в здании школы № 1. Когда на третий день этой варварской акции в школе произошли взрывы, вызвавшие пожар и обрушение части стен, через которые стали разбегаться заложники, группа В.В.Канакина вместе с другими подразделениями спецназа была брошена на спонтанный штурм здания. Лично уничтожил несколько террористов. Одновременно с ликвидацией террористов группа эвакуировала из здания детей и взрослых.
Указом Президента Российской Федерации от 11 октября 2004 года за мужество, отвагу и героизм, проявленные при исполнении воинского долга в условиях, сопряжённых с риском для жизни, полковнику Канакину Валерию Владимировичу присвоено звание Героя Российской Федерации
Продолжил службу в ЦСН ФСБ России.
С марта 2014 года по март 2019 года – начальник Управления "А" ("Альфа") ЦСН ФСБ России (до этого занимал должность заместителя начальника Управления).
С марта 2019 года – в запасе.
С марта 2019 года – президент Международной Ассоциации ветеранов подразделения антитеррора "Альфа".